La historia trata de un joven, el mayor asesino de la era Tokugawa hasta la Restauración Meiji, apodado Battousai. Este joven llamado Kenshin Himura, decide no volver a matar gente, y para poder pagar de alguna forma los asesinatos que cometió, decide proteger a las personas a su alrededor con la técnica más aterradora y poderosa en existencia: el Hiten Mitsurugi Ryu, aprendida gracias al adiestramiento de su maestro Seijuro Hiko , que lo acogió cuando era pequeño tras sobrevivir en el asesinato de la caravana de esclavos en que se encontraba donde 3 hermanas lo adoptan como hermano menor. Esta técnica, aunque mortal, permite un control perfecto de la fuerza que se aplica al ejecutar los movimientos y puede ser utilizada con la espada que Kenshin porta, con el filo invertido, desde el inicio de la Restauración. De esta manera conoce a Kaoru Kamiya, del dojo Kamiya Kasshin Ryu, Sanosuke, Yahiko y a otros personajes que pasan a ser parte de su vida, y motivo de existencia. Además, el verdadero nombre del protagonista es Shinta y Kenshin significa corazón de la espada, este último le fue dado por Seijuro que consideraba "Shinta" un nombre nada apropiado para un guerrero.