Esta es la historia de un fotógrafo llamado Mikogami Hayato quien regresa a su ciudad Natal Otomo para conseguir una exclusiva acerca de un misterioso caso, en el que se dice que un sujeto con una máscara de Calavera esta asesinando personas en esa misma ciudad.
Hayato se dirige a Otomo en un tren, donde conoce a  Mamiya Kiriko quien le toma mucho cariño a Hayato y se va a vivir con él para ayudarle a conseguir la exclusiva del Skull Man.
Durante la serie Hayato se vuelve más que un fotógrafo y pasa a tomar el roll de un investigador desde su primera noche en Otomo, donde Hayato sale de su casa sin saber que en la ciudad hay un toque de queda por seguridad, y que nadie puede salir a la calle sin una autorización. Hayato se encuentra con el sujeto con la máscara de Calavera y asesina a una persona frente a él. Desde ese momento Hayato intenta descubrir todo lo relacionado con el misterioso Skull Man, quien es y el por qué comete los asesinatos que cada vez se van acrecentando.
Hayato en su regreso a Otomo se encuentra con su tio, quien le dice que le ayudara en todo lo que pueda, pese a que Hayato fue adoptado. Tambien se encuentra con algunos amigos del pasado que también estarían envueltos en el misterioso caso.
Armar las piezas del rompecabezas será la terea de Hayato y Kiriko, quienes están decididos a revelar la identidad del misterioso Skull Man tanto como sus intenciones, asi como también los misterios de una compañía farmacéutica y una religión llamada Byakureikai que están fuertemente conectados con las víctimas, mientras el Skull Man realiza cada vez mas asesinatos, supuestamente como venganza.